Existe algum tipo de isenção de IR/Fonte para empregado com doença degeneratia?

Não - A isenção de Imposto de Renda somente se aplica aos proventos de "aposentadoria e pensão" quando decorrentes da seguintes doenças: moléstia profissional, tuberculose ativa, alienação mental, esclerose múltipla, neoplasia maligna, cegueira, hanseníase, paralisia irreversível e incapacitante, cardiopatia grave, doença de Parkinson, espondiloartrose anquilosante, nefropatia grave, estados avançados de doença de Paget (osteíte deformante), contaminação por radiação, síndrome de imunodeficiência adquirida, e fibrose cística (mucoviscidose), com base em conclusão da medicina especializada, mesmo que a doença tenha sido contraída depois da aposentadoria ou reforma (Lei 7.713, de 1988, art. 6º, inciso XIV, Lei 8.541, de 1992, art. 47, e Lei 9.250, de 1995, art. 30, § 2º).
Salário não é isento.